多平臺、多方法RNA文庫構建
RNA是以DNA的一條鏈為模板,以堿基互補配對原則,轉錄而形成的一條單鏈,主要功能是實(shí)現遺傳信息在蛋白質(zhì)上的表達,是遺傳信息傳遞過(guò)程中的橋梁,主要存在于生物細胞以及部分病毒、類(lèi)病毒中。
眾所周知,total RNA中95%以上都是核糖體RNA(rRNA),可rRNA卻非常保守,在不同的組織、器官當中的表達極度穩定; 而只占total RNA總量2%-3%的mRNA在RNA當中信息含量卻最為豐富,因此mRNA成為人們在科學(xué)研究中的重要關(guān)注點(diǎn)。
組織或細胞總RNA中各種RNA分布餅狀圖
而某個(gè)物種的特定組織或細胞在某一生理功能狀態(tài)下發(fā)生的mRNA產(chǎn)物的轉錄,即轉錄組,是基因組遺傳信息傳遞和表達的重要步驟和過(guò)程。
通過(guò)高通量mRNA測序可以獲得大量轉錄本序列信息,定量基因轉錄表達水平,獲得基因組轉錄區域及其位點(diǎn)信息等,在基因組序列拼接注釋、樣品間基因轉錄差異表達及其功能研究等方面有重要作用??蓮恼w水平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學(xué)過(guò)程以及疾病發(fā)生過(guò)程中的分子機理,已被廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。
RNA樣本的建庫質(zhì)量對于后續上機測序至關(guān)重要,可直接影響后續結果的分析。因此,一個(gè)好的建庫試劑盒對于RNA測序至關(guān)重要。全式金目前已推出3款RNA建庫試劑盒,分別適用于Illumina和MGI平臺,均具有高數據質(zhì)量、高文庫轉化率的特點(diǎn)。
常規RNA建庫
? TransNGS? RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina?
本產(chǎn)品是針對Illumina高通量測序平臺開(kāi)發(fā)的可用于構建鏈特異性或非鏈特異性轉錄組文庫的試劑盒,在5 h之內可將1-100 ng處理后的RNA構建成高質(zhì)量的測序文庫,得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。
● 文庫構建原理示意圖
● 與競品的比較
1 μg、100 ng 人血總RNA樣品去除rRNA后(TransGen, KD101),分別使用TransGen、Company N和Company V建庫產(chǎn)品進(jìn)行建庫測序及分析,結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量、基因表達水平以及相關(guān)性方面與競品相比,性能一致。
? 測序數據質(zhì)量
? 比對區域分布
? 基因表達及差異分析
? 相關(guān)性分析
快速RNA建庫
? TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina?
本產(chǎn)品是針對Illumina高通量測序平臺開(kāi)發(fā)的專(zhuān)用于構建鏈特異性或非鏈特異性轉錄組文庫的試劑盒,可一步完成二鏈合成、末端修復與加A反應,中間不需要純化步驟,極大地簡(jiǎn)化了操作流程,縮短了建庫時(shí)間,可在4 h之內將0.1 ng-100 ng處理后的RNA構建成高質(zhì)量的測序文庫,得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。
● 文庫構建原理示意圖
● 與競品的比較
使用 mRNA 純化試劑盒對人、小鼠、小麥和煙草的總RNA進(jìn)行mRNA捕獲,其中人和小鼠投入200 ng總RNA,小麥和煙草投入1000 ng總RNA;分別使用TransGen和Company V建庫試劑盒進(jìn)行RNA文庫構建,文庫分選后檢測文庫產(chǎn)量、峰型,并進(jìn)行測序分析。
? 文庫產(chǎn)量
? 建庫峰型
?測序數據質(zhì)量
?相關(guān)性分析
? TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for MGI?
本產(chǎn)品是針對MGI高通量測序平臺開(kāi)發(fā)的專(zhuān)用于構建鏈特異性或非鏈特異性轉錄組文庫的試劑盒,可一步完成二鏈合成、末端修復與加A反應,中間不需要純化步驟,極大地簡(jiǎn)化了操作流程,縮短了建庫時(shí)間,可在4 h之內將0.1 ng-100 ng處理后的RNA構建成高質(zhì)量的測序文庫,得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。
● 文庫構建原理示意圖
● 與競品的比較
使用mRNA純化試劑盒對人、小鼠和擬南芥的總RNA進(jìn)行mRNA捕獲,其中人和小鼠投入200 ng總RNA,擬南芥投入1000 ng總RNA;分別使用TransGen和Company V建庫試劑盒進(jìn)行RNA文庫構建,文庫分選后檢測文庫產(chǎn)量、峰型,并進(jìn)行測序分析。結果表明,TransGen產(chǎn)品與Company V產(chǎn)品性能一致。
?文庫產(chǎn)量
?建庫峰型
?測序數據質(zhì)量
?相關(guān)性分析
相關(guān)產(chǎn)品推薦
? TransNGS? rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)
●產(chǎn)品特點(diǎn)
? 可有效去除人/小鼠/大鼠高達99%的ribosomal RNA。
? 提供Control qPCR Primer Sets,檢測去除前后ribosomal RNA和非ribosomal RNA含量的變化。
●測序數據質(zhì)量
1 μg人(Human, H)、小鼠(Mouse, M)和大鼠(Rat, R)總RNA樣品,分別使用TransGen和Company K產(chǎn)品去除rRNA后,進(jìn)行建庫(TransGen, KP601)測序及分析,結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量上與競品相比,性能一致,甚至優(yōu)于競品。
? TransNGS? rRNA Depletion Kit (Bacteria)
●產(chǎn)品特點(diǎn)
? 可有效去除各種細菌高達99%的ribosomal RNA。
? 操作簡(jiǎn)便。
●測序數據質(zhì)量
2 μg大腸桿菌(Escherichia coli, E. coli)總RNA樣品,分別使用TransGen、Company V和Company I產(chǎn)品去除rRNA后,進(jìn)行建庫(TransGen, KP601)測序及分析。結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量上與競品相比,性能一致。
● 成功測試菌種 (rRNA Rate < 5%)
? TransNGS? rRNA Depletion Kit (Animal)
●產(chǎn)品特點(diǎn)
? 可有效去除各種動(dòng)物高達99%的ribosomal RNA。
? 操作簡(jiǎn)便。
●測序數據質(zhì)量
2 μg斑馬魚(yú)(Zebra fish, Zebra) 總RNA樣品,分別使用TransGen和Company I產(chǎn)品去除rRNA后,進(jìn)行建庫(TransGen, KP601)測序及分析,結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量上與競品相比,性能一致。
●成功測試物種 (rRNA Rate < 10%)
? MagicPure? mRNA Kit
●產(chǎn)品特點(diǎn)
? 操作簡(jiǎn)單。
?提取mRNA得率高,純度高。
?適用于磁棒式高通量核酸提取儀。
●文庫產(chǎn)量
分別使用TransGen和Company V產(chǎn)品對人、大鼠、小鼠、煙草、百合、番茄、大豆、擬南芥、小麥和水稻的總RNA進(jìn)行mRNA捕獲,其中人、大鼠和小鼠投入200 ng總RNA,其他物種投入1000 ng總RNA;使用建庫試劑盒 (TransGen, KP701) 進(jìn)行RNA文庫構建后檢測文庫產(chǎn)量。
產(chǎn)品信息
產(chǎn)品名稱(chēng) | 目錄號 | 規格 |
TransNGS? RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina? | KP601-01 | 12 rxns |
KP601-02 | 96 rxns | |
TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina? | KP701-01 | 12 rxns |
KP701-02 | 96 rxns | |
TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for MGI? | KP801-01 | 12 rxns |
KP801-02 | 96 rxns | |
TransNGS? rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) | KD101-11 | 12 rxns |
KD101-02 | 24 rxns | |
KD101-03 | 96 rxns | |
TransNGS? rRNA Depletion Kit (Bacteria) | KD201-11 | 12 rxns |
KD201-02 | 24 rxns | |
KD201-03 | 96 rxns | |
TransNGS? rRNA Depletion Kit (Animal) | KD301-11 | 12 rxns |
KD301-02 | 24 rxns | |
KD301-03 | 96 rxns | |
MagicPure? mRNA Kit | EC511-01 | 24 rxns |
EC511-02 | 96 rxns | |
TransNGS? Circularization Kit For MGI? | KC101-01 | 12 rxns |
KC101-02 | 96 rxns | |
MagicPure? RNA Beads | EC501-01 | 1 ml |
EC501-02 | 5 ml | |
EC501-03 | 60 ml | |
TransNGS? Library Amplification SuperMix | KA101-01 | 1 ml |
KA101-02 | 5×1 ml | |
TransNGS? Library Quantification Kit for Illumina? | KQ101-01 | 100 rxns |
KQ101-02 | 500 rxns | |
TransNGS? Library Quantification qPCR SuperMix | KQ201-01 | 1 ml |
KQ201-02 | 5×1 ml | |
TransNGS? Library Quantification DNA Standards (S1-S6) | KS101-21 | 50% , 120 μl each |
TransNGS? Library Dilution Buffer | KB101-01 | 5×1 ml |
TransNGS? Single Index Primers Kit for Illumina? (Set 1) | KI201-01 | 48 rxns |
KI201-02 | 96 rxns | |
TransNGS? Single Index Primers Kit for Illumina? (Set 2) | KI211-01 | 48 rxns |
KI211-02 | 96 rxns | |
TransNGS? Single Index Primers Kit for Illumina? (Set 3) | KI221-01 | 96 rxns |
KI221-02 | 192 rxns | |
TransNGS? Dual Index Primers Kit for Illumina? | KI231-01 | 48 rxns |
KI231-02 | 96 rxns | |
TransNGS? Index Primers (384) Kit for Illumina? | KI241-01 | 96 rxns |
KI241-02 | 384 rxns | |
TransNGS? UDI Indexed Adapter Kit for Illumina? | KI341-01 | 192 rxns |
KI341-02 | 384 rxns | |
TransNGS? 384 UDI Indexed Adapter Kit for Illumina? | KI351-01 | 192 rxns |
KI351-02 | 384 rxns | |
TransNGS? Indexed Adapter Kit for MGI? | KI401-S1-3-01 | 10 μl/Index |
KI401-S1-3-02 | 40 μl/Index |