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  • 多平臺、多方法RNA文庫構建

     

    RNA是以DNA的一條鏈為模板,以堿基互補配對原則,轉錄而形成的一條單鏈,主要功能是實(shí)現遺傳信息在蛋白質(zhì)上的表達,是遺傳信息傳遞過(guò)程中的橋梁,主要存在于生物細胞以及部分病毒、類(lèi)病毒中。

    眾所周知,total RNA中95%以上都是核糖體RNA(rRNA),可rRNA卻非常保守,在不同的組織、器官當中的表達極度穩定; 而只占total RNA總量2%-3%的mRNA在RNA當中信息含量卻最為豐富,因此mRNA成為人們在科學(xué)研究中的重要關(guān)注點(diǎn)。


    圖片1.png


    組織或細胞總RNA中各種RNA分布餅狀圖



    而某個(gè)物種的特定組織或細胞在某一生理功能狀態(tài)下發(fā)生的mRNA產(chǎn)物的轉錄,即轉錄組,是基因組遺傳信息傳遞和表達的重要步驟和過(guò)程。

    通過(guò)高通量mRNA測序可以獲得大量轉錄本序列信息,定量基因轉錄表達水平,獲得基因組轉錄區域及其位點(diǎn)信息等,在基因組序列拼接注釋、樣品間基因轉錄差異表達及其功能研究等方面有重要作用??蓮恼w水平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學(xué)過(guò)程以及疾病發(fā)生過(guò)程中的分子機理,已被廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。

    RNA樣本的建庫質(zhì)量對于后續上機測序至關(guān)重要,可直接影響后續結果的分析。因此,一個(gè)好的建庫試劑盒對于RNA測序至關(guān)重要。全式金目前已推出3款RNA建庫試劑盒,分別適用于Illumina和MGI平臺,均具有高數據質(zhì)量、高文庫轉化率的特點(diǎn)。


    常規RNA建庫


    ? TransNGS? RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina?

    本產(chǎn)品是針對Illumina高通量測序平臺開(kāi)發(fā)的可用于構建鏈特異性或非鏈特異性轉錄組文庫的試劑盒,在5 h之內可將1-100 ng處理后的RNA構建成高質(zhì)量的測序文庫,得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。

     文庫構建原理示意圖


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     與競品的比較

    1 μg、100 ng 人血總RNA樣品去除rRNA后(TransGen, KD101),分別使用TransGen、Company N和Company V建庫產(chǎn)品進(jìn)行建庫測序及分析,結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量、基因表達水平以及相關(guān)性方面與競品相比,性能一致。

    ? 測序數據質(zhì)量


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    ? 比對區域分布


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    ? 基因表達及差異分析


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    ? 相關(guān)性分析


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    快速RNA建庫  

                  

    ?  TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina? 

    本產(chǎn)品是針對Illumina高通量測序平臺開(kāi)發(fā)的專(zhuān)用于構建鏈特異性或非鏈特異性轉錄組文庫的試劑盒,可一步完成二鏈合成、末端修復與加A反應,中間不需要純化步驟,極大地簡(jiǎn)化了操作流程,縮短了建庫時(shí)間,可在4 h之內將0.1 ng-100 ng處理后的RNA構建成高質(zhì)量的測序文庫,得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。

     文庫構建原理示意圖


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     與競品的比較

    使用 mRNA 純化試劑盒對人、小鼠、小麥和煙草的總RNA進(jìn)行mRNA捕獲,其中人和小鼠投入200 ng總RNA,小麥和煙草投入1000 ng總RNA;分別使用TransGen和Company V建庫試劑盒進(jìn)行RNA文庫構建,文庫分選后檢測文庫產(chǎn)量、峰型,并進(jìn)行測序分析。

    ? 文庫產(chǎn)量



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    ? 建庫峰型


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    ?測序數據質(zhì)量


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    ?相關(guān)性分析


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    ?   TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for MGI?

    本產(chǎn)品是針對MGI高通量測序平臺開(kāi)發(fā)的專(zhuān)用于構建鏈特異性或非鏈特異性轉錄組文庫的試劑盒,可一步完成二鏈合成、末端修復與加A反應,中間不需要純化步驟,極大地簡(jiǎn)化了操作流程,縮短了建庫時(shí)間,可在4 h之內將0.1 ng-100 ng處理后的RNA構建成高質(zhì)量的測序文庫,得到的文庫產(chǎn)量高、信息完整。

     文庫構建原理示意圖


    1.png


     與競品的比較

    使用mRNA純化試劑盒對人、小鼠和擬南芥的總RNA進(jìn)行mRNA捕獲,其中人和小鼠投入200 ng總RNA,擬南芥投入1000 ng總RNA;分別使用TransGen和Company V建庫試劑盒進(jìn)行RNA文庫構建,文庫分選后檢測文庫產(chǎn)量、峰型,并進(jìn)行測序分析。結果表明,TransGen產(chǎn)品與Company V產(chǎn)品性能一致。

    ?文庫產(chǎn)量


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    ?建庫峰型


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    ?測序數據質(zhì)量


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    ?相關(guān)性分析


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    相關(guān)產(chǎn)品推薦


    ?   TransNGS? rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

    產(chǎn)品特點(diǎn)   

    ? 可有效去除人/小鼠/大鼠高達99%的ribosomal RNA。

    ? 提供Control qPCR Primer Sets,檢測去除前后ribosomal RNA和非ribosomal RNA含量的變化。

    測序數據質(zhì)量

    1 μg人(Human, H)、小鼠(Mouse, M)和大鼠(Rat, R)總RNA樣品,分別使用TransGen和Company K產(chǎn)品去除rRNA后,進(jìn)行建庫(TransGen, KP601)測序及分析,結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量上與競品相比,性能一致,甚至優(yōu)于競品。


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    ? TransNGS? rRNA Depletion Kit (Bacteria)

    產(chǎn)品特點(diǎn)   

    ? 可有效去除各種細菌高達99%的ribosomal RNA。

    ? 操作簡(jiǎn)便。

    測序數據質(zhì)量

    2 μg大腸桿菌(Escherichia coli, E. coli)總RNA樣品,分別使用TransGen、Company V和Company I產(chǎn)品去除rRNA后,進(jìn)行建庫(TransGen, KP601)測序及分析。結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量上與競品相比,性能一致。


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     成功測試菌種 (rRNA Rate < 5%)


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    ? TransNGS? rRNA Depletion Kit (Animal)

    產(chǎn)品特點(diǎn)   

    ? 可有效去除各種動(dòng)物高達99%的ribosomal RNA。

    ? 操作簡(jiǎn)便。

    測序數據質(zhì)量

    2 μg斑馬魚(yú)(Zebra fish, Zebra) 總RNA樣品,分別使用TransGen和Company I產(chǎn)品去除rRNA后,進(jìn)行建庫(TransGen, KP601)測序及分析,結果表明,TransGen產(chǎn)品在測序數據質(zhì)量上與競品相比,性能一致。


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    成功測試物種 (rRNA Rate < 10%)


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    ?  MagicPure? mRNA Kit

    產(chǎn)品特點(diǎn)   

    ? 操作簡(jiǎn)單。

    ?提取mRNA得率高,純度高。

    ?適用于磁棒式高通量核酸提取儀。

    文庫產(chǎn)量

    分別使用TransGen和Company V產(chǎn)品對人、大鼠、小鼠、煙草、百合、番茄、大豆、擬南芥、小麥和水稻的總RNA進(jìn)行mRNA捕獲,其中人、大鼠和小鼠投入200 ng總RNA,其他物種投入1000 ng總RNA;使用建庫試劑盒 (TransGen, KP701) 進(jìn)行RNA文庫構建后檢測文庫產(chǎn)量。


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    產(chǎn)品信息



    產(chǎn)品名稱(chēng)

    目錄號

    規格

    TransNGS? RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina? 

    KP601-01

    12 rxns

    KP601-02

    96 rxns

    TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for Illumina? 

    KP701-01

    12 rxns

    KP701-02

    96 rxns

    TransNGS? Fast RNA-Seq Library Prep Kit for MGI? 

    KP801-01

    12 rxns

    KP801-02

    96 rxns

    TransNGS? rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)  

    KD101-11

    12 rxns

    KD101-02

    24 rxns

    KD101-03

    96 rxns

    TransNGS? rRNA Depletion Kit (Bacteria)

    KD201-11

    12 rxns

    KD201-02

    24 rxns

    KD201-03

    96 rxns

    TransNGS? rRNA Depletion Kit (Animal)

    KD301-11

    12 rxns

    KD301-02

    24 rxns

    KD301-03

    96 rxns

    MagicPure? mRNA Kit

    EC511-01

    24 rxns

    EC511-02

    96 rxns

    TransNGS? Circularization Kit For MGI?

    KC101-01

    12 rxns

    KC101-02

    96 rxns

    MagicPure? RNA Beads

    EC501-01

    1 ml

    EC501-02

    5 ml

    EC501-03

    60 ml

    TransNGS? Library Amplification SuperMix

    KA101-01

    1 ml

    KA101-02

    5×1 ml

    TransNGS? Library Quantification Kit for Illumina?

    KQ101-01

    100 rxns

    KQ101-02

    500 rxns

    TransNGS? Library Quantification qPCR SuperMix

    KQ201-01

    1 ml

    KQ201-02

    5×1 ml

    TransNGS? Library Quantification DNA Standards (S1-S6)

    KS101-21

    50% , 120 μl each

    TransNGS? Library Dilution Buffer

    KB101-01

    5×1 ml

    TransNGS? Single Index Primers Kit for Illumina? (Set 1)

    KI201-01

    48 rxns

    KI201-02

    96 rxns

    TransNGS? Single Index Primers Kit for Illumina? (Set 2)

    KI211-01

    48 rxns

    KI211-02

    96 rxns

    TransNGS? Single Index Primers Kit for Illumina? (Set 3)

    KI221-01

    96 rxns

    KI221-02

    192 rxns

    TransNGS? Dual Index Primers Kit for Illumina? 

    KI231-01

    48 rxns

    KI231-02

    96 rxns

    TransNGS? Index Primers (384) Kit for Illumina?

    KI241-01

    96 rxns

    KI241-02

    384 rxns

    TransNGS? UDI Indexed Adapter Kit for Illumina? 

    KI341-01

    192 rxns

    KI341-02

    384 rxns

    TransNGS? 384 UDI Indexed Adapter Kit for Illumina?

    KI351-01

    192 rxns

    KI351-02

    384 rxns

    TransNGS? Indexed Adapter Kit for MGI? 

    KI401-S1-3-01

    10 μl/Index

    KI401-S1-3-02

    40 μl/Index


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